ฝ่ายควบคุมการก่อสร้าง มีหน้าที่ในการจัดการ ดูแล และรับผิดชอบในการบริหารและ ควบคุมโครงการก่อสร้างระบบประปาที่มีวงเงินตั้งแต่ 40 ล้านบาท ขึ้นไป และโครงการที่เกี่ยวข้องกับสำนักงานใหญ่
มึโครงการในความรับผิดชอบที่อยู่ในระหว่างดำเนินการ จำนวน 21 โครงการ
| กองควบคุมการก่อสร้าง 1 | จำนวน 6 โครงการ |
| กองควบคุมการก่อสร้าง 2 | จำนวน 7 โครงการ |
| กองควบคุมการก่อสร้าง 3 | จำนวน 8 โครงการ |